San José fue creado por un grupo de muchachos bien de barrio que se reunían en la casa de Casimiro Lizardo. Asi se formó el primer equipo de fútbol al que llamaron San José, en honor a la iglesia y el barrio. La canchita estaba ubicada en Salta y Matheu. La misma fue cedida por el párroco Vicente Róne.
El Club quedó fundado oficialmente el 1 de junio de 1947 y su primer presidente fue Carlos Horacio Trono.
En los deportivo "Sanjo" fue campeón en segunda ascenso en 1962 y 1966. En primera "C" en el año 1979 y en primera "A" en el 2007 al ganarle la final a Alvarado por penales.
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